يدرس في مساقين التحولات المرضية الأساسية على مستوى الخليلة والأنسجة مما ينتج عنها الأمراض المختلفة من التهابات عامة وخاصة وتغيرات حميدة أو خبيثة. وكذلك رد فعل الجسم لهذه التغيرات. تكون الدراسة عامة بشكل أولي ثمّ يتدرج لدراسة كل عضو على حدة.